Początki historii koncernu są związane z niemieckim rodem Merck. Już w 1668 roku w Darmstadt w Niemczech aptekarz Frederic Jacob Merck uruchomił zakład chemiczny. W 1891 George Merck utworzył Merck & Co., Inc. w Nowym Jorku. Początkowo firma zajmowała się produkcją środków chemicznych dla branży farmaceutycznej. Jednak już na początku XX wieku rozpoczęła również własne prace nad lekami.

W latach trzydziestych w laboratoriach Mercka wyprodukowano streptomycynę, co było przełomem w walce z gruźlicą. W następnej dekadzie Merck opracował sposób masowej produkcji penicyliny. W 1953 roku Merck & Co., Inc połączył się ze spółką Sharp & Dohme tworząc MSD International z dobrze rozwiniętą siecią dystrybucji swoich leków i szczepionek. Przez ponad sto lat swojego istnienia firma cały czas znajdowała się w czołówce firm innowacyjnych. W latach osiemdziesiątych wprowadziła na rynek pierwszą szczepionkę dla ludzi, wykorzystującą osiągnięcia inżynierii genetycznej. W najlepszym roku pod względem rejestracji nowych leków – firma wprowadziła na rynek aż pięć produktów . Były to MAXALT, AGGRASTAT, PROPECIA, COSOPT i SINGULAIR.

Firma przez caly czas współpracuje nie tylko z licznymi laboratoriami i placówkami badawczymi ale także z lekarzami. Wydawany regularnie od 1899 roku The Merck Manual to unikalne źródło informacji o chorobach i sposobach ich leczenia, które nie służy promocji leków produkowanych przez korporację. Pod koniec XX wieku cały szereg wydawnictw – skierowanych już nie tylko do lekarzy ale także do pacjentów – zostało udostępnionych za darmo w Internecie.

Firma nie tylko w ten sposób udowadnia, że interes pacjenta jest dla niej najważniejszy. Prowadzi również działalność charytatywną skoncentrowaną na dostarczeniu tańszych leków w tych krajach, gdzie pacjentów nie stać na pełną odpłatność, a opieka zdrowotna nie zapewnia im dostępu do najlepszych terapii.

Dziś Merck & Co., Inc to jedna z największych firm farmaceutycznych na świecie. Notowana na giełdzie w Nowym Jorku spółka zatrudnia ponad 60 tys ludzi, posiada ok. 30 fabryk, a jej leki są dostępne niemal na całym świecie.

Merck & Co., Inc jest obecny w Polsce od 1991 roku, choć leki produkowane przez koncern były oczywiście obecne znacznie wcześniej. Jednak dopiero po rozpoczęciu reform rynkowych w Polsce możliwe było rozszerzenie działalności. MSD Polska zajmuje się nie tylko dostarczaniem na polski rynek leków produkowanych przez  Merck & Co., Inc. Wspólnie z polskim środowiskiem medycznym prowadzi szereg badań klinicznych, koniecznych przy wprowadzaniu na rynek nowych leków. Wspiera lekarzy dostarczając im publikacje medyczne, a także umożliwiając udział w krajowych i zagranicznych zjazdach naukowych. Jednocześnie firma stale dba o przestrzeganie najwyższych standardów etycznych. Jest sygnatariuszem Kodeksu Farmaceutycznej Etyki Marketingowej. Należy do Stowarzyszenia Przedstawicieli Innowacyjnych Firm Farmaceutycznych w Polsce.

W 1992 roku poprzez fundację Project HOPE firma MSD przekazała 152 tysiące dawek szczepionki H-B-VAX^R II z przeznaczeniem na szczepienia ochronne przeciwko wirusowemu zapaleniu watroby typu B wśród pracowników służby zdrowia i studentów medycyny. Podczas powodzi w 1997 roku firma MSD wzięła udział w akcji pomocy powodzianom, przekazując 250 tysięcy dawek szczepionki VAQTA^R przeciwko  wirusowemu zapaleniu wątroby typu A.

MSD Polska wspiera również akcje informacyjne. Jest partnerem akcji "Chronię życie przed rakiem szyjki macicy", której celem jest zwrócenie uwagi na konieczność zabezpieczenia się przed zakażeniem wirusem brodawczaka ludzkiego (HPV), będącym przyczyną rozwoju raka szyjki macicy.